新鲜香菇清理需重点去除泥沙和杂质，可采用流水冲洗、软刷轻刷、盐水浸泡等方法。主要清理步骤包括剪除根部、分离菌褶清洁、表面污垢处理、快速沥干水分以及检查虫蛀情况。
香菇根部常附着木屑或栽培基质，需用厨房剪刀贴紧菌盖边缘剪除。硬质根部可能影响口感，剪除时保留约2毫米即可避免破坏菌盖结构。若发现根部变色或木质化，应扩大修剪范围确保食用安全。
2、分离菌褶清洁：菌褶间隙易藏匿泥沙，将香菇菌盖朝下置于流水下，用指尖轻轻拨动菌褶进行冲洗。水流压力不宜过大，避免破坏菌褶结构。对于较脏的香菇，可短暂浸泡后重复此步骤，确保每片菌褶间隙清洁。
3、表面污垢处理：菌盖表面粘附的培养基残渣可用软毛牙刷单向刷洗，顺着菌盖纹理从中心向外缘轻刷。顽固污渍可用湿棉签局部擦拭，避免用力刮擦导致表皮破损。野生香菇需特别注意树皮碎屑的清理。
清洗后立即将香菇倒扣在沥水篮中，置于通风处15-20分钟。如需加速干燥，可用厨房纸轻压吸去表面水珠，但不可揉搓。过度吸水会导致营养流失，建议在烹饪前1小时内完成清理工序。
5、检查虫蛀情况：对着光源检查菌盖和菌柄是否有针孔状蛀洞，轻微虫蛀可切除受影响部位。发现菌肉变软或出现褐色分泌物应整颗丢弃。有机种植的香菇建议用3%盐水浸泡5分钟驱虫，浸泡后需彻底冲洗。
清理后的香菇建议用透气容器存放，垫入吸潮纸冷藏保存不超过3天。烹饪前可进行最后检查，确保无残留杂质。对于炖汤用途的香菇，保留部分菌褶中的天然孢子能提升鲜味，但需确保彻底煮透。搭配胡萝卜、青菜等富含维生素C的食材烹饪，可促进香菇中铁元素的吸收，提升营养价值。避免使用金属器皿长时间浸泡，以防香菇中的多酚类物质发生氧化变色。
