加味逍遥丸的副作用主要有胃肠不适、过敏反应、月经紊乱、肝肾功能异常、电解质紊乱等。
一、胃肠不适部分人群服用后可能出现恶心、呕吐、腹痛或腹泻等症状，多与药物成分刺激胃肠黏膜有关。若本身存在慢性胃炎或消化性溃疡，症状可能更明显。建议饭后服用以减少刺激，若持续不适需停药并咨询医生。
二、过敏反应少数人可能对其中某味中药如柴胡、当归过敏，表现为皮疹、瘙痒、眼睑水肿甚至呼吸困难。首次用药者应密切观察身体反应，出现过敏迹象立即停用，并及时就医处理，避免自行使用抗过敏药掩盖病情。
三、月经紊乱因含活血调经成分，长期或过量服用可能导致经期提前、经量增多或非经期出血。尤其适用于肝郁血虚型月经不调者，但体质偏热或无相关证候者易引发内分泌波动。女性应在中医师辨证指导下短期使用，不可擅自延长疗程。
四、肝肾功能异常虽为中成药，但“天然”不等于“无毒”。长期大剂量服用可能增加肝脏代谢负担，个别报道提示存在药物性肝损伤风险；肾功能不全者亦需谨慎。服药期间建议定期监测肝功能指标，有基础肝肾疾病者须由医生评估获益与风险后再决定是否使用。
五、电解质紊乱方中含茯苓、白术等利水渗湿药材，久服可能影响体内钠钾平衡，引发乏力、心悸或肌肉痉挛。老年人、出汗多或合并利尿剂使用者风险更高。应避免连续服用超过两周，必要时配合饮食补充富含钾的食物如香蕉、橙子。
