基于卡路里计算的减重系统并不是最有效，有两个主要原因。首先，不同的营养素产生不同的荷尔蒙反应，从而直接影响代谢率，以及影响身体燃烧脂肪效率和贮存脂肪的模式。其次，为了满足身体的需要而分解不同食物来获得卡路里来分解不同的差别很大。简单举例，你的身体消化一餐含有动物蛋白和绿叶菜时，所消耗的卡路里，显著比消化一餐含有白饭的碳水化合物的膳食用的多。消化加工食品所需的卡路里更加少，如曲奇饼干、白面包或薯片。
营养素决定荷尔蒙的反应
以卡路里计算减轻体重的方法，这是个错误的方法，你所进食的营养素比例决定荷尔蒙的反应。碳水化合物，尤其是那些含有较高血糖指数的食物，能立即提高胰岛素水平。当你吃了大量的碳水化合物，特别是对于一个经常进食低脂肪高碳水化合物的食物，又按卡路里计算来进食人来说，你的胰岛素水平将持续地提升。长期过高的胰岛素水平，会令胰岛素产生抵抗性及提升应激皮质醇水平，从而导致细胞衰老。这个化合过程会产生脂肪储存和糖尿病。
如果你以部分碳水化合物来取代蛋白质和“聪明”脂肪，蛋白质将被用于恢复组织及建立低脂肪高肌肉比例的体形，而脂肪会被用来加强细胞的脂质层、恢复脑部健康，并生产荷尔蒙如睾酮。当然，如果你进食反式脂肪、经处理的蛋白质或碳水化合物或附有添加剂、染料及化学甜味剂的食物，一切都会变得很糟糕了，我会在下文详细解释。
限制卡路里会改变荷尔蒙反应
以限制卡路里来减去重量，长远来说对于新陈代谢不利的，因为它会令你的身体变为一部由荷尔蒙推动的饥饿机器。在新英格兰医学杂志的一项研究发现，为一些超重人士安排一个为期十周的卡路里限制餐单，每天只进食550卡路里，结果他们体内刺激饥饿的荷尔蒙生长素及增加脂肪储存的制胃多肽也提高了。瘦素，一种能够抑制饥饿和促进脂肪燃烧的荷尔蒙，在十周后明显地减少了，并维持了一年的时间。要注意，经过十个星期的饮食，参与者轻了30磅，但由于限制卡路里已令他们严重地改变其代谢荷尔蒙对食物产生的反应，他们的体重在翌年平均回升15磅。
食物的热量反应 :卡路里是愚蠢的
一些主流的传播媒体错误地引用了一项在美国医学协会杂志最新刊载的研究结果指出，卡路里决定身体比例及体重增加的主因。我们仔细分析了这个研究成果，澄清了以上的误解，并得到正好相反的结果：事实是你所进食的食物中的营养素决定你的身体比例，但是如果你每天也过量进食，你就会变得肥伴。
这项研究从三个不同的蛋白质含量的饮食中，比较了暴饮暴食对身体比例和脂肪增加的影响。研究人员量度了三个饮食的卡路里，这是需要用来分解食物、合成酶，和进行代谢过程所需的卡路里份量。在八个星期的研究中，参与者分别从他们的饮食中摄取5%，15%或25%的蛋白质，相等于额外954卡路里。所有的饮食包括每天超过3000卡路里，而营养素含量如下：
一顿低蛋白质含量的膳食，包含5% 蛋白质，52 %脂肪，以及42%碳水化合物。
一顿正常蛋白质含量的膳食，包含 15% 蛋白质, 44%脂肪，以及 42% 碳水化合物。
一顿高蛋白质含量的膳食，包含25 %蛋白质，33%脂肪，以及41%碳水化合物。
上述三组均透过(暴饮暴食／过量进食)增加了相同重量的脂肪－大约3.5公斤。摄取正常份量及高蛋白质那两组所增加的脂肪重量，实则上比低蛋白质那组轻0.2分斤，但这结果并没有明显的统计学意义。最有趣的结论是，低蛋白饮食那组增加了最少的总体重，因为随着增加了3.5公斤的脂肪，他们几乎失去了一公斤的肌肉。在饮食中缺乏氨基酸的建立群组，令他们形成严重代谢，产生脂肪储存的状态。相比之下，进食正常蛋白饮食那组，增加了2.9公斤的肌肉重量，而进食高蛋白饮食那组，则增加了3.4公斤肌肉。因此，随着增加了近3.5公斤的脂肪，正常蛋白饮食和高蛋白饮食实则上增加更多的体重。但是，从身体比例的角度来看，正常蛋白饮食和高蛋白饮食的结果比低蛋白饮食那组更好，因为虽然参与者的体重增加了，但他们的身体脂肪百分比却下降了。
最重要的是，这项研究显示了每天进食不同比例的营养素所消耗的卡路里数量的极端变化。静息代谢率（RMR）是一天的休息时间所燃烧的卡路里数量，它会高度受到膳食构造和食物热效应的影响。进食低蛋白饮食那组，他们的代谢率下降了2%，这意味着他们透过每天的低蛋白饮食，燃烧更少的卡路里。
相反地，进食正常蛋白饮食和高蛋白饮食那两组，在对高蛋白摄入量的反应影响下，RMR增加了11%。这意味着，进食更多的蛋白质，消耗更多的能量会变成高肌肉低脂肪的体质，而只有约50％消耗的能量被转化为脂肪。研究人员估计，低蛋白饮食那组，其中超过90％所消耗的能量变成脂肪。
天然健康食品及加工的卡路里并不相同
另一项研究表明，进食天然健康食品比进食相同份量的加工食品所产生的RMR和热效应显著高得多。此项研究，将含有相等卡路里和营养素的加工食品餐和天然健康食品餐的影响作出比较。
天然健康食品餐所产生的热效应，几乎等于加工食品餐的一倍。在进食天然健康食品餐后，参与者燃烧的卡路里多出50%！同样重要的是，在进食后的第四个小时，进食加工食品餐的参与者的代谢率下降至低于其平均RMR水平，而进食天然健康食品那组从未跌至RMR以下水平。在提高了的能源使用之下，天然健康食品餐那组的消化时间比加工食品组多出一小时。
依然不相信?看看在印第安人(Pima Indians)身上发生什么事情
皮马印第安人是亚利桑那的土著，他们提供了“身体比例不受每天摄取的卡路里影响”的典型例子。皮马印第安人在基因上只需摄取很少的卡路里，主要来自鱼、野生小动物和他们收集的食物。1900年以前，一个新的“肥胖流行病”在皮马印第安人当中十分流行。在该地区居住的当地科学家，对于这个以前一直高大强壮而肌肉有力的土著群体，现在广泛受到肥胖症困扰，而感到烦恼不解。最近的分析发现，当皮马印第安人与白人殖民者接触后不久，并适应了他们的食物之后，他们开始种植了如玉米、豆类、马铃薯，加工食品如糖、面包，最终肥胖及二型糖尿病变得同样常见。
皮马印第安人饮食变化的分析，说明了他们没有暴饮暴食或过量进食，也没有摄入比以前更多的卡路里，他们只是采取了白人的食物，包括糖、面包、淀粉类食物、鸡蛋、牛肉，而不再是鱼和野生小动物。他们每天摄入的卡路里也不多于他们燃烧的能量。相反，皮马印第安人只是进食了对他们的基因来说是错误的卡路里类型，这导致脂肪增加和引致糖尿病的荷尔蒙反应。
为了获得最佳的身体比例，你只需要了解以下各点，就可以解答任何有关如何透过饮食来减少脂肪的难题：
蛋白质的卡路里并不等如碳水化合物的卡路里
不同营养素的热效应是不同的，加工食品的热效应比天然健康食品的热效应为少。
营养素的比例将决定荷尔蒙的反应
你在一天所进食的卡路里数量，和你的身体比例是绝对有关的，如果你像实验的参与者一样每天多吃额外954卡路里，你的体重便会增加，但增加脂肪还是增加肌肉，取决于营养素的比例。
如果你没有过量进食，你只需改变营养素的比例，以管理胰岛素水平，对食物的荷尔蒙反应可以导致脂肪流失，以及大大地改善身体比例。
局部减肥是有效的，因为脂肪堆积是和荷尔蒙构造有关的。荷尔蒙的接收点位于你的身体的不同位置。这是我们分子营养法的一个很重要的原则。
